投加除磷剂是目前有效降磷的手法，但是由于投加大量的化学药剂促使磷酸盐沉淀，使得废水除磷的过程会产生大量的污泥沉淀。但是，除磷剂的投机点不同会导致其除磷效果的不同，更会导致其污泥产量的不同。

如果将除磷剂投加在沉淀池的前面，利用污泥在经过沉淀池时进行排泥来达到除磷效果。沉淀物大量的堆积在沉淀池里面，随着除磷剂的投加量上升，其污泥沉淀物也会上升，但同时使得许多有机物质一同沉淀成了污泥，泥量多，且不适于后面的生物处理系统。

如果将除磷剂投加于生化池的后面，这样就可以避免水中多种物质与除磷剂发生反应，也不会影响微生物的脱脱氮除磷效果。还可以避免过多投放除磷剂。

如果将除磷剂投加在好氧池的出水口端，二沉池的前面投加除磷剂则可以大量减少除磷剂的使用量，这是废水在生化处理的过程中已去除水中大部分磷，并将偏磷、有机磷转化为可通过混凝处理的正磷，大大提高除磷效果和减少除磷剂投加量，减少污泥中的磷含量。所以，除磷剂一般投加于生化后，二沉池前，节省废水除磷成本和提高达标率。