废水中含有的微生物可以通过氧化作用分解废水中的磷酸盐，因为除磷剂的混凝作用对废水中电子受体具有电中和作用，能将高价位转化为低价位的电子受体，刺激好氧微生物繁殖。

所以在投加除磷剂之后，在经过化学除磷剂除磷后的污泥中，有大量的好氧细菌，而好氧细菌又是微生物的食物来源，可以刺激微生物的氧化分解，达到除磷。

一般的废水中除了有大量的有机物，还有其他的污染杂质，这大大压制了微生物的活动，通过投加除磷剂，可以对水中的难降解物质进行吸附沉淀降低污泥负荷促进生化系统的磷酸去除率。

生物除磷的原理是在好氧情况下，除磷菌摄取废水中的磷，另外绝大部分的磷则被合成聚磷酸盐而储存在细胞体内。虽然除磷成本低，但是无法将磷彻底去除，所以许多除磷过程都采用生物除磷和化学除磷并用的。